Su sede es la Iglesia Mayor Parroquial de San Pedro y San Pablo y de los Desagravios.

La Iglesia Mayor de San Pedro y San Pablo se encuentra en el centro de San Fernando, más concretamente en la calle Real de la ciudad, frente a la Plaza de la Iglesia. Muy cerca al templo se localizan el museo municipal, el ayuntamiento, el Castillo de San Romualdo y la Plaza de Toros.

La edificación de esta iglesia se debe a la necesidad de construir un templo mayor que sustituyera a la pequeña parroquia de Santa María, situada en el castillo cercano, ya que el crecimiento demográfico de San Fernando (por entonces llamada Real Villa de la Isla de León había hecho que la capilla quedara muy reducida para albergar a un mayor número de fieles. Las obras de construcción se iniciaron en 1756 y, aunque en el año 1764 fue bendecida por el obispo Tomás del Valle, su terminación se demoró hasta las primeras décadas del siglo XIX. Su diseño primitivo se atribuye a Alejandro María Pavía, pero fue el arquitecto Torcuato Benjumeda quien le otorgó su actual fisonomía.

Su construcción, en la que intervinieron conjuntamente el obispado gaditano y la corporación municipal, se produjo como respuesta a las necesidades espirituales de la pujante población de San Fernando, ubicándose el inmueble en el punto más céntrico de la ciudad, en la margen izquierda del camino que conducía a Cádiz, equidistante al castillo de San Romualdo, al Puente Zuazo por el norte, y a la Iglesia-convento de El Carmen por el sur.

El dinero de su construcción se recaudó con un impuesto sobre el vino y la miste, aunque también se cuenta la anécdota de que un inglés, que estaba de paso por la Isla de León, y al ver el estado inacabado de la iglesia, donó una importante suma de dinero a pesar de pertenecer a la Iglesia Anglicana.

La Iglesia se constituye, además, como uno de los hitos fundamentales en la trama urbana del casco antiguo de San Fernando, siendo una de sus señas de identidad más significativa y muestra de la actividad creativa generada en la ciudad en la segunda mitad del siglo XVIII y primeros años del XIX.

Su valor histórico es igualmente destacado, pues en este templo prestaron juramento los diputados de las primeras Cortes constituyentes españolas el 24 de septiembre de 1810, ante el Cardenal y Arzobispo de Toledo Don Luis de Borbón, con anterioridad a la primera sesión celebrada a continuación en el Teatro de las Cortes, durante el asedio francés y cuando España se reducía solamente a la Isla de León -San Fernando- y Cádiz. Este momento histórico de la Historia de España, se recoge en un óleo de José Casado del Alisal que se conserva en el Congreso de los Diputados.

Esta iglesia de San Pedro y San Pedro y de los Desagravios es un edificio de planta rectangular compuesto de tres cuerpos y realizado en piedra ostionera. Este templo destaca, desde el punto de vista arquitectónico, por resumir las dos corrientes estilísticas más utilizadas en las principales construcciones de la localidad: por un lado el tardobarroquismo, que modera los elementos ornamentales pero sin excluirlos de su diseño, visible especialmente en las portadas principal y laterales de la iglesia; y por otro, el neoclasicismo, palpable en el diseño del tramo superior de las torres que flanquean la fachada principal.

De sus dos torres destacan las cuatro campanas que llevan los nombres de los cuatro evangelios.

Está catalogada como Bien de Interés Cultural, por la Junta de Andalucía.

Se trata de un retablo de estilo neobarroco en madera tallada, dorada y estofada y en ciertos puntos policromada, con escalera de mármol entre el ara y el retablo. Fue realizado por los artistas sevillanos Antonio Martín Fernández, Manuel Guzmán Bejarano y Luis Jiménez Espinosa, entre los años 1958 y 1959. El retablo está profundamente decorado en su totalidad por elementos vegetales, rocallas y emblemas. Delante del retablo está situado una mesa de altar- ara- que responde a las mismas características tipológicas del conjunto ya que fueron ejecutados por los mismos tallistas. En el banco de la mesa de altar destacan motivos vegetales y en el centro se representa el emblema pontificio, símbolo de la parroquia, sobre la misma se abre una pequeña hornacina arquitectónica que alberga en su interior una imagen de la Virgen con el niño y un pequeño busto de Santa Gema de pasta de madera de escaso valor artístico.

El retablo propiamente dicho de Jesús Cautivo tiene un sotobanco corrido, estando en sus extremos decorado con acanaladuras y pequeñas pilastras adosada. De ambos extremos arrancan hacia la parte superior dos estípites que se apoyan en una cabeza de ángel policromado a modo de atlante. La parte superior de cada estípite está decorado con un jarrón de azucenas.

El cuerpo central del retablo se abre una hornacina central a través de un arco de medio punto en el cual se ubica a Jesús Cautivo. A ambos lados entorno a la hornacina central por todo el panel del retablo aparece, motivos geométricos cuatripartitos y elementos vegetales. Encima de la clave del arco de la hornacina de Jesús Cautivo nos encontramos el anagrama JHS aludiendo a Jesucristo.

La parte superior del retablo es concebida a modo de crestería calada en rocalla y elementos vegetales albergando en la parte central del ático el emblema primitivo de la Esclavitud. El retablo queda recogido en todo su perímetro por decoración vegetal y rocallas. Se encuentra en buen estado de conservación.

El retablo de Jesús Cautivo de la actualidad fue el segundo que ha tenido la Hermandad, ya que el primitivo data del año 1948. El actual retablo fue bendecido el 1 de noviembre de 1959.

Retablo formado por mesa de altar en cuyo frontal se ubica el escudo pontificio rodeado de decoración de acantos; y un solo cuerpo semicircular a modo de dosel, el cual está decorado con motivos vegetales y óvalos. En la clave del mismo se encuentra inserto en un medallón, el antiguo escudo de la Hermandad formado por la S y el clavo sobre la cruz trinitaria, en el centro una custodia, y a la derecha el emblema mariano "AM", todo ello rematado por una corona real.

Fue realizado por el artista sevillano Antonio Martín Fernández entre los años 1979 y 1980. Se bendijo en la función del Solemne Quinario cuaresmal en honor a Ntro. Padre Jesús Cautivo y Rescatado por el Rvdo. P. José Carlos Fernández Moreno (secretario-canciller del obispado) en el año 1980.

Retablo de autor desconocido, realizado en 1764, formado por un banco donde se ubica la mesa de altar, tallada y estofada, donde apreciamos una decoración a base de elementos vegetales. Destaca en su parte central una cartela con la representación de una "S" atravesada por un clavo, símbolo de la esclavitud. Sobre él apreciamos el cuerpo del retablo, formado por un cuerpo, tres calles y ático, separadas entre sí por entrecalles de estilo rocalla donde podemos ver pequeñas imágenes de las ánimas del purgatorio. En la calle izquierda vemos la representación de la imagen de San José: en la central una imagen de San Miguel, con la Virgen del Carmen a los pies: y en la derecha contemplamos una talla de San Antonio. El ático, cuenta en su friso inferior donde reposan dos ángeles que custodian una capilla donde vemos la representación del cordero místico. Dicho ático cuenta con decoración vegetal y está rematado con el símbolo de la esclavitud.

Fue dorado por el taller de D. Francisco María Mortola.