El acompañamiento musical del paso de Cristo ha variado a lo largo de su historia. En un principio y durante muchos años, tradicionalmente llevaba una banda de cornetas y tambores, llegando a tener la Hermandad una propia. Al desaparecer ésta, se optó por una banda de música, alternándose algunos años la Banda Municipal y la Banda de la Cruz Roja, ambas de San Fernando. Posteriormente se abandonó la idea de banda de música, y Jesús de Medinaceli estuvo acompañado por agrupación musical, concretamente por la de "Cristo de la Humildad y Paciencia" y posteriormente por "Virgen de las Lágrimas", igualmente de la ciudad de San Fernando. En la actualidad es acompañado como en sus orígenes por Banda de Cornetas y Tambores, concretamente por la Banda de CCyTT del Santísimo Cristo de la Columna de Daimiel.

El paso de Virgen, siempre ha contado con banda de música, los primeros años la Banda Municipal de Arcos, posteriormente, y alternándose, Banda Municipal y Cruz Roja. Los siguientes años la Banda Sinfónica Municipal de San Fernando. En la Semana Santa de 2015, 2016 y 2017 es la Unión Musical Astigitana de Écija la que acompaña a nuestra Ámantísima Titular, y desde el año 2018 hasta la actualidad, lo hace la Banda de Música Municipal de Villalba del Alcor (Huelva).

- Medinaceli, de Francisco Bermejo, en 1984.

- Trinidad, de Francisco Bermejo.

- Lunes Santo en Capuchinas, de Francisco del Río.

- Cautivo por tus Lágrimas de Vida, de Juan Carlos Martín-Consuegra Céspedes, en 2014.

- Plegarias a mi Cautivo, de Emilio Muñoz Serna en 2004.

- Medinaceli Isleño, de Francisco Bermejo en 2006.

- Virgen de la Trinidad, en 2010.

- Virgen de la Trinidad, de José González García, en 1979.

- Jesús de Medinaceli, de Elena Colombo de la Vega, en 1994.

- Cautivo del Lunes Santo, de José Luis Expósito Polanco, en 1995.

- Medinaceli, Dulce Reencuentro, de José González García, en 1997.

- Cautivo de mi Trinidad, de Raúl Batista Maceas, en 1997.

- Medinaceli, de José Ribera Tordera, en 1999.

- Trinidad, de Manuel Serrano Rodríguez, en 1999.

- Rabí, de Manuel Pérez Rodríguez, en 1999.

- Trinidad en Capuchinas, de Jesús Palacios, en 2004.

- María Santísima de la Trinidad, de Francisco Javier Guillamó Cereceda en 2014.